Jerzy Wojniak urodził się 6 listopad 1942 roku w Warszawie. W 1982 roku ukończył studia na Wydziale Reżyserii Szkoły Filmowej w Łodzi. Studiował również na Wydziale Polonistyki Uniwersytetu Warszawskiego (1973).

Zadebiutował dokumentem "Głosy z hali" w 1983 roku. Jego późniejsze filmy mają najczęściej charakter biograficzny. Regularnie współpracował z łódzką Wytwórnią Filmów Dokumentalnych i Fabularnych w Warszawie.