Do Konkursu Głównego 46. FPFF zakwalifikowało się szesnaście filmów. Jest wśród nich sześć pełnometrażowych debiutów reżyserskich i trzy drugie filmy reżyserów. Do Konkursu Filmów Krótkometrażowych
Filmy ocenią trzy regulaminowe składy jurorskie. Międzypokoleniowym gremiom jurorów przewodniczy troje reżyserów: Andrzej Barański w Konkursie Głównym, Małgorzata Szumowska w Konkursie Filmów Krótkometrażowych i Magnus von Horn w Konkursie Filmów Mikrobudżetowych. Na Festiwalu obradować będą także pozaregulaminowe składy jury, m.in. Jury Młodych, Jury Dyskusyjnych Klubów Filmowych oraz inne kolegia przyznające nagrody pozaregulaminowe. Platynowe Lwy za całokształt osiągnięć artystycznych otrzyma reżyserka Agnieszka Holland.
Na program 46. FPFF składają się liczne sekcje pozakonkursowe. Cztery wybrane nowe międzynarodowe koprodukcje, powstałe ze znaczącym polskim udziałem, przybliży najstarsza sekcja towarzysząca, czyli Polonica. Obszerny przegląd filmów Andrzeja Munka znajdzie się w tegorocznej sekcji pozakonkursowej Czysta Klasyka, prezentującej znaczące dzieła polskiej kinematografii w wersji odnowionej cyfrowo. Widzowie Festiwalu będą mogli obejrzeć wybrane dzieła reżysera – zarówno fabularne, jak i dokumentalne – prezentowane w czterech blokach filmowych. Filmem otwarcia 46. FPFF będzie „Zezowate szczęście”, ostatni ukończony film przedwcześnie zmarłego reżysera. Bohaterami Czystej Klasyki będą ponadto reżyserzy: Barbara Sass-Zdort, Krzysztof Kieślowski, Andrzej Żuławski.
Z okazji Rok Stanisława Lema, w stulecie urodzin, w programie znalazł się również blok zrealizowanych w latach 60. ubiegłego stulecia telewizyjnych krótkometrażowych filmów fantastycznonaukowych w stylu retro, adaptacji utworów pisarza. Inny tegoroczny pokaz specjalny uhonoruje 75-lecie pracy twórczej aktorki, Barbary Krafftówny, która będzie gościć w Gdyni. Pokazy In Memoriam poświęcone zostaną artystom, którzy odeszli niedawno: aktorowi Zygmuntowi Malanowiczowi oraz kompozytorowi Jerzemu „Dudusiowi” Matuszkiewiczowi.
W sekcji Filmy z Gdyni zaprezentowane będą trzy dokumenty i jedna fabuła twórców i producentów związanych z miastem gospodarzem Festiwalu. Dzięki współpracy z Krakowskim Festiwalem Filmowym widzowie w Gdyni zobaczą film dokumentalny nagrodzony w tym roku Złotym Lajkonikiem. Jedną z najbardziej obleganych przez widzów sekcji Festiwalu co roku jest Gdynia Dzieciom, przygotowana przez Stowarzyszenie Filmowców Polskich. W programie kierowanym do przedszkolaków i uczniów młodszych klas szkół podstawowych jest ponad dwadzieścia animowanych bajek i kilka filmów pełnometrażowych.
Uzupełnieniem stacjonarnego Festiwalu będzie program filmowy dostępny online. Obejmie on filmy z dwóch festiwalowych konkursów (bez Konkursu Głównego) oraz sekcji pozakonkursowych – łącznie blisko 50 tytułów. Wszyscy zainteresowani będą mogli obejrzeć w internecie transmisje na żywo konferencji prasowych z udziałem twórców filmów z Konkursu Głównego, spotkania z twórcami filmów mikrobudżetowych i krótkometrażowych. Festiwal udostępni w sieci także liczne materiały dodatkowe: felietony, omówienia, eseje filmowe czy podcasty.
Program 46. Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych to nie tylko filmy. Po raz szósty organizatorzy zapraszają na cykl spotkań branżowych Gdynia Industry, adresowanych do twórców, producentów, profesjonalistów branży filmowej oraz studentów szkół filmowych. Każdego dnia Festiwalu podjęty zostanie inny temat przewodni: Branża audiowizualna dla klimatu – jak uczynić sektor bardziej zielonym; Grafika i design; Etyka i dobre praktyki w branży filmowej; Moda na polską klasykę filmową; Zmieniające się modele biznesowe rynku filmowego – czego nauczyła nas pandemia.
Istotnym elementem Gdynia Industry są spotkania młodych twórców filmowych z doświadczonymi przedstawicielami branży, nastawione na wymianę doświadczeń i mentoring: „1 na 1” oraz „Branża bez tajemnic. Lunch producencki”. Zaplanowano ponadto Forum Stowarzyszenia Filmowców Polskich, spotkanie Twarzą w Twarz z Dyrektorem PISF, Radosławem Śmigulskim, a także debatę podsumowującą 46. FPFF.
Przez trzy kolejne festiwalowe wieczory, od 21 do 23 września 2021 roku, w przestrzeni plenerowej Gdyńskiego Centrum Filmowego muzykę filmową zagrają młodzi artyści wywodzący się z Trójmiasta. Muzyczną kulminacją Festiwalu 24 września będzie piątkowy występ połączonych sił Rebel Babel Film Orchestra i zaproszonych muzyków, solistów oraz filmowców pod kierownictwem Łukasza L.U.C. Rostkowskiego. Wspólnie wykorzystają twórczość największych polskich kompozytorów muzyki filmowej, takich jak Krzysztof Komeda, Henryk Kuźniak, Andrzej Korzyński.
Podczas Festiwalu oglądać będzie można trzy wystawy. W Galerii Gdyńskiego Centrum Filmowego zostanie zaprezentowana część ekspozycji multimedialnej poświęconej Krzysztofowi Kieślowskiemu, przygotowanej przez Narodowe Centrum Kultury Filmowej w Łodzi. Muzeum Miasta Gdyni pokaże wystawę prac Andrzeja Pągowskiego „Wajda na nowo”. Z kolei na Forum Studenckim Gdyńskiego Centrum Filmowego można oglądać niezwykłe kostiumy z filmu "Na srebrnym globie" Andrzeja Żuławskiego autorstwa Magdaleny Tesławskiej i Krzysztofa Tyszkiewicza.
Wydarzenia festiwalowego tygodnia rejestrować będą ekipy Kroniki Festiwalowej, złożone ze studentów Gdyńską Szkołę Filmową, Szkołę Filmową im. Krzysztof Kieślowskiego Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach, Szkołę Filmową w Łodzi, Szkołę Wajdy i Warszawską Szkołę Filmową.
46. Festiwal Polskich Filmów Fabularnych odbędzie się w dniach 20-25 września 2021 roku w Gdyni.