Małgorzata Burzyńska-Keller pochodzi z Wrocławia. Jest absolwentką Wydziału Reżyserii Państwowej Wyższej Szkoły Filmowej, Telewizyjnej i Teatralnej w Łodzi (1994). Po studiach związała się z łódzką uczelnią jako asystentka prof. Wojciecha Jerzego Hasa.

W 1997 roku zadebiutowała – jako scenarzystka i reżyserka – krótkometrażową fabułą telewizyjną „Gąszcz” z Andrzejem Sewerynem i Dorotą Segdą w rolach głównych. Ma na swoim koncie kilka filmów dokumentalnych, m.in. „Lidera” (2002), „Stację Radegast” (2003), „Memoriał Radegast Bahnhof” (2009) i „Bossaka. Kronikę wypadków filmowych”, poświęconego – jak wskazuje sam tytuł – legendarnemu dokumentaliście i pedagogowi łódzkiej Szkoły Filmowej. Do „Stacji Radegast” robiła ponadto zdjęcia, a do „Mamoriału Radegast Bahnhof” pisała muzykę. Znalazła się także w pionie reżyserskim „Niezwykłej podróży Baltazara Kobera” (1988) Wojciecha Jerzego Hasa, a na planie „Listów miłosnych” (2001) Sławomira Kryńskiego pełniła funkcję asystenta reżysera.

Burzyńska-Keller jest także autorką cyklicznego programu telewizyjnego „Szma Israel", prezentującego historię, tradycje i teraźniejszość Żydów w Polsce, realizowanego w Redakcji Ekumenicznej Telewizji Polskiej.